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臺北市環境保護局為保護臺北市生活環境,提高市民生活品質,其組織的變革,莫不以防治公害、維護環境清潔為考量。

民國57年7月1日臺北市改制為院轄市,以「臺北市水肥處理委員會」及原屬衛生局之「清潔大隊」為基礎,於同年10月23日成立環境清潔處,辦理空氣、水污染防治及垃圾、水肥清運處理。

嗣因政府鑒於環境污染日益嚴重,必須積極保護環境,推行公害防治,改善國民生活環境,當作政務上之重要措施,於民國71年7月1日將環境清潔處改制,成立環境保護局。並增加噪音、振動與病媒、毒性物質管制等項業務。

本大隊於民國73年7月1日設置成立,其前身為民國58年成立之衛生警察隊,以辦理違反環境保護法規案件稽查、取締、告發執行及裁決等事項迄今。

民國105年8月1日起,為利市民更了解稽查大隊工作性質及業務內容,本大隊配合臺北市政府環境保護局組織規程第9條修正條文,將臺北市政府環境保護局「衛生」稽查大隊名稱修正為臺北市政府環境保護局「環保」稽查大隊。